Perjalanan umat Baptis dimulai pada tanggal 13 Mei 1813 ketika William Robinson seorang utusan injil Baptis dari Inggris datang ke Indonesia. Pada tahun 1834, 2 orang utusan Injil yaitu Lyman & Munson yang menginjili di pedalaman Sumatera tewas sebagai martir di daerah Labu Pining, Sumatera Utara. Tahun 1948, kemenangan Partai Komunis China membuat tempat pelayanan dan seminari di China ditutup yang akhirnya membuat misi Baptis berpindah ke Indonesia dan mulai melayani di sini. Hingga pada bulan Januari 1950, B.J Cauthen salah satu pelopor misionaris di Indonesia, mulai mengadakan survei. Namun, karena kurangnya personil, maka ia meminta tambahan misionaris. Maka pada 24 Desember 1951, datanglah 3 Serangkai; yaitu William B. Johnson, Stockwell B. Sears, dan Charles P. Cowherd. 

Pada tanggal 25 Februari 1952, dikeluarkan izin pelayanan Baptis di Indonesia oleh Departemen Agama. Dan pada tanggal 11 Mei 1952, kebaktian perdana dilaksanakan di Gedung Masonic Jalan Wastu Kencana 27 Bandung. Lalu pada 28 Nopember 1952, dibentuklah Misi Baptis ‘Southern Baptist Convention’ di Indonesia. Misi Baptis SBC mengusung 3 segi pelayanan Yesus. Yaitu Mengajar, Berkhotbah, dan Penyembuhan. Maka dari itu, mereka memusatkan pekerjaan pelayanan di 5 kota besar di Jawa. Semarang sebagai kota Pengajaran, didirikan seminari oleh Dr. BL. Nichols. Bandung didirikan sebuah penerbitan bahan – bahan Sekolah Minggu yang menjadi cikal bakal LLB oleh Stockwell B. Sears. Kediri sebagai Kota Penyembuhan didirikan sebuah Rumah Sakit oleh Dr. Kathleen Jones. serta Surabaya dan Jakarta sebagai Kota Pemberitaan. Gereja-gereja pertama selanjutnya adalah GBI Kalvari Jakarta, GBI Immanuel Surabaya, GBI Sion yang sekarang menjadi GBI Seteran Semarang, dan GBI Semampir yang sekarang menjadi GBI Sahabat Kediri. 

Pada tanggal 20-24 Mei 1968, diadakanlah Musyawarah Umat Baptis yang menghasilkan keputusan dibentuknya BKS atau Badan Kerjasama Kaum Baptis. Sekitar 3 tahun setelahnya, yaitu pada tanggal 19-28 Juli 1971, para misi mengadakan rapat di Tretes dengan hasil di antaranya yaitu: memberikan kebebasan kaum Baptis Indonesia untuk melayani lebih baik dan penutupan Seminari. Menanggapi hasil pertemuan di Tretes, maka sebulan kemudian pada tangal 8-12 Agustus 1971 diadakanlah Musyawarah Umat Baptis di STBI Semarang dengan keputusan antara lain: Seminari tetap dibuka dan usulan pembentukan wadah gereja-gereja Baptis yang terlepas dari para misi. Dan dengan itu, pada tanggal 12 Agustus 1971 terbentuklah Gabungan-gabungan Gereja Baptis Indonesia, yang disempurnakan menjadi Gabungan Gereja Baptis Indonesia. GGBI melaksanakan Amanat Agung Tuhan Yesus melalui Program Iman 5 tahunan. Periode 1985 – 1990 diadakanlah Program Iman 500-5. Pada periode 1990-1995 dengan Program Iman 5+1+1. Periode 1995-2000 dengan Program Iman 2000-2. Periode 2000-2005 dengan Program Iman Teguh Bersinar. Periode 2005-2010 dengan Program Iman Mengakar, Mekar, Menyebar. Periode 2010-2015 dengan Program Iman Bersatu, Bersaksi, Berlipat Ganda. Dan periode 2015-2020 dengan Program Iman GM3 (Gereja Memberitakan, Menumbuhkembangkan, Mengutus).